مخلوط را درون لوله‌ای در داخل باگت ها قرار میدهند طوری که با شروع چرخش دستگاه باگتها به سمت خارج از مرکز حرکت میکند و به حالت افقی قرار میگیرند. در اینحالت، نیروی گریز از مرکز میخواهد که مخلوط را برخلاف مرکز سانتریفیوژ براند و از این نقطه دور کند و ذرات یا مایع سنگین تر بیش تر به سمت بیرون (یا ته مخلوط) رانده میشوند.
وقتی سانتریفوژ از حرکت بازمی‌ایستد، مواد به همین حالت غیر مخلوط می‌مانند. خون و سایر نمونه‌های بیولوژیکی را معمولاً به وسیله دستگاه سانتریفیوژ دو فاز میکنند.
