کلنی شمار یا کلنی کانتر به انگلیسی Colony counter دستگاه الکتریکی برای شمارش باکتریها و یا میکروارگانیسمهای موجود در محیط کشت میباشد و تفکیک کلنی ها از نظر رنگ و شکل ظاهری و یا در صورت تزریق بعضی از نمونه های واکسن روی جوجه ۱۲ روزه کلنی های روی پرده جنین جوجه را نیز شمارش کرد.
دستگاه بصورت دیجیتال همراه با بوق مخصوص با یک قلم حساس و مجهز به صفحه مدور روشن شونده به قطر ۱۰ سانتیمتر با تقسیمات مورد نظر میباشد.
دستگاه دارای حافظه که احیانا در زمان قطع برق و یا مشکلات دیگر از بابت شمارش برای کارشناس مشکلی ایجاد نشود و آخرین شمارش در حافظه دستگاه ثبت میباشد